В соответствии с Приказом Министерства здравоохранения № 535 от 22.04.1985 г. и № 8 от 19.01.1995 г. задачи по совершенствованию и унификации диагностической базы возлагаются прежде всего на лабораторию клинической микробиологии. Поэтому микробиологические аспекты деятельности больничного эпидемиолога на практике сводится к организации и контролю правильного взятия, хранения и транспортировки материала для микробиологического исследования.

Биологический материала микробиологических методов исследования следует брать в максимально стерильных условиях, тщательно соблюдая правила асептики и по возможности избегая контаминации образцов микроорганизмами из окружающей среды.

Образцы для посевов необходимо брать до начала лечения антибактериальными препаратами или в интервалах между приёмом антибиотиков (не менее 12 часов). Отобранный материал должен быть маркирован и как можно быстрее доставлен в микробиологическую лабораторию. При необходимости образцы помещают в транспортную среду. Некоторые образцы требуют хранения при t 37°, другие – при пониженной (холодильнике).